Domborzat 
 
 
A Japánhoz tartozó több mint 3000 sziget Ázsia csendes-óceáni partvidéke mentén fekszik. A legjelentősebb szigetek északról dél felé haladva Hokkaidó, Honsú (a fő sziget), Sikoku és Kjúsú. A Rjúkú-szigetek (vagy más néven Nanszei-szigetek), beleértve Okinavát, Kjúsú szigetétől délre fekszenek. Ezeket a szigetek együttesen japán szigetvilágnak is szokták nevezni.

Az ország kb. 75%-a erdős, hegyes terület, amely alkalmatlan mezőgazdasági, ipari és lakossági használatra a meredek lejtők, a földrengések, a szélsőséges időjárás, a gyenge talaj és az esőzések által okozott földcsuszamlások miatt. Ez azt okozta, hogy a lakható területeken a népsűrűség az egekig szökött, főleg a partvidéki területeken. Japán a harmincadik legsűrűbben lakott ország a világon.

A felkelő nap országa a csendes-óceáni, tűzgyűrűn fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál, amely Japánban a gyakori földrengéseken és a vulkanikus tevékenységen érzékelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos szökőárakat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6400 embert ölt meg).

 Éghajlat 
 
Az éghajlat Japánban nagyrészt mérsékelt, ám északról délre nagyban változatos. Az országot hat nagy éghajlati zónára lehet osztani:

Hokkaidó – a legészakibb zóna, melynek jellemzői a hosszú, hideg telek és hűvös nyarak. A csapadék nem gyakori, de a szigetet télen gyakran sújtják hóviharok.
Japán-tenger – Honsú nyugati partvidékén az északnyugati szél telenként jelentős havazást okoz. Nyáron ez a terület hűvösebb mint a Csendes-óceán partja, de a föhn jelenség miatt gyakran igen magas hőmérsékletek jellemzik. 
Közép-Japán – Tipikus belföldi éghajlat jellemzi a telek és nyarak, valamint a nappalok és éjszakák közti nagy hőkülönbségekkel. A csapadékmennyiség nem jelentős. 
Szeto-beltenger – A Csúgoku és Sikoku régiók hegyei pajzsként védik ezt a területet a szelektől, ami ennek a régiónak kellemes időjárást ad egész évben. 
Csendes-óceán – A keleti part télen hideg, gyakori a hóesés, a nyár viszont meleg a délkeleti időszakos szél miatt. 
Délnyugati-szigetek – Éghajlatuk szubtrópusi, meleg telekkel és forró nyarakkal. A csapadék nagyon gyakori, főleg az esős évszakokban. A tájfunok időszakosak. 
A fő esős évszak május elején kezdődik Okinava szigetein. Az ezért felelős éghajlati ciklon az év során észak felé halad, és Hokkaidón tűnik el végleg, általában július végén. Honsú nagy részén az esős évszak június közepén kezdődik el és körülbelül hat hétig tart. Nyár végén és ősz elején a tájfunok gyakran hoznak nagy mennyiségű csapadékot.

Japán kilenc erdős ökorégió otthona, ami tükröződik a szigetek éghajlatán és földrajzán. A rjúkú- és bonin-szigeteki nedves, széleslevelű trópusi és szubtrópusi erdőktől a mérsékelt égövi széleslevelű vegyeserdőkig terjednek a fő sziget mérsékelt éghajlatú területein át a hideg északi régióig.